В среде водников Чуя считается одной из сложнейших для прохождения рек Республики Алтай. Чуя имеет быстрое течение и резкие повороты, изобилует сложными порогами, ее берега скалисты, а дно усеяно камнями. Чуя знаменита еще и тем, что здесь впервые в России был испытан рафт — большая надувная лодка для сплавов по рекам. Кроме того, на этой реке проводятся рафтинг-соревнования «Чуя — ралли».